O filme conta a História de William Theodore Stronghold, um garoto de 14 anos, filho dos 2 maiores super-heróis: o incrivelmente forte e quase invencível Commander (Kurt Russell) e a super rápida voadora Jetstream (Kelly Preston). Ele e sua melhor amiga Layla (Danielle Panabaker) estão em seu primeiro dia de aula, enquanto Will não desenvolveu nenhum poder. Na Sky High, existem os super-heróis e os ajudantes e Will e seus amigos tornam-se ajudantes, quando o treinador Boomer (Bruce Campbell) os divide assim. Will acaba se machucando, indo para a enfermaria e descobre que pode não desenvolver super poderes, mesmo sendo filho de 2 super-heróis. Por mais que seja raro, o motorista de ônibus Ron Wilson é um desses casos. Ao chegarem na escola, são recebidos por Speed (Will Harris) and Lash (Jake Sandvig), que tentam chantegeá-los, mas são salvos pela presidente do Comitê da Escola, Gwen Grayson (Mary Elizabeth Winstead) e sua amiga Penny (Malika and Khadijah Haqq). Will imediatamente gosta de Gwen. Enquanto isso, os pais do Will salvam o mundo de um robô gigante e seu pai leva o olho robótico como troféu.Na sala de aula, conhecem seu professor, Mr. Boy, (Dave Foley), que foi assistente de seu pai, e começam a aprender como os ajudantes devem fazer nas missões de salvamento.Chegando em casa,Will não tem coragem de contar a seus pais o que houve, principalmente depois que seu pai adiciona a biometria de Will para a entrada do Santuário Secreto e mostra todos os esus troféus, incluindo seu favorito, o Pacifier, a arma que o vilão Royal Pain. A arma quebrou durante a luta, desintegrando o vilão, porém o Commander nunca descobriu o real poder da arma. Apesar de não saberem, 2 vilões estão os espiando através do olho do robô gigante.Depois de conhecer os amigos de Will, Steve recebe a notícia de que o filho não possui super poderes e que pode nunca desenvolvê-los.Na escola, Lash e Speed se divertem com Will e seus amigos e durante uma rasteira de Lash, a bandeja de Will cai sobre Guerren Paz, filho do maior inimigo de Steve, que começa a perseguir Will no refeitório. Quando Guerren ameaça os amigos de Will, ele finalmente desenvolve o poder da super força. OS dois são levados à sala de detenção, a qual neutraliza seus poderes.No dia seguinte, Will torna-se herói e muda de classe e o professor Medula o coloca com uma parceira de laboratório, que acaba sendo Gwen, que provoca Will, enciumando Layla. Will volta para casa e encontra Gwen conversando com sua mãe, acaba ficando para o jantar e convida os pais de Will para o baile como convidados de honra para receberem um troféu. Will acaba estudando com Gwen e esquece de seu encontro com Layla, que acaba conhecendo Guerren, que trabalha no restaurante e dá conselhos para ela. No dia seguinte ela tenta seguir os conselhos de Warren, mas quando Will conta que vai ao baile com Gwen, ela diz que vai com Guerren, o que não agrada Will.Durante outra noite, enquanto os pais de Will estão em outra missão, Gwen convence Will a convidar o comitê do baile para sua casa, porém acaba tornando-se uma festa com todos os heróis da escola. Ela o convence a levar em um lugar mais calmo e Will acaba levando-a ao Santuário. Enquanto os dois se beijam, Speed rouba o Pacifier e Will nem percebe. Layla está passando na frente da casa dos Stronghold, quando percebe a movimentação e entra, mas é recebida por Gwen, que fala que Will não quer mais saber dela e de nenhum outro assistente e Layla vai embora. Ao descobrir, Will, decide não sair mais com Gwen, tenta terminar a festa, porém seus pais chegam em casa e ele decide não ir ao baile. Ele tenta conversar com Layla no mesmo restaurante da outra vez, porém ela não aparece dessa vez e ele acaba conversando com Guerren, que conta os sentimentos de Layla e o motivo de eles irem juntos.Na noite do baile, Josie entrega a seu filho o antigo livro do ano de seu pai e percebe que Gwen se parece com uma colega de seus pais. Então percebe que o Pacifier foi roubado e resolve ligar para o motorista, Ron. Enquanto isso, Gwen se revela e explica que foi transformada em um bebê, mas não destruída. Ela começa a transformar todos em bebês e quando todos tentam sair, Lash, Penny e Speed trancam as saídas. Layla, Warren, Ethan, Zack and Magenta escapam e encontram Will. Enquanto ele vai procurar Royal Pain, Guerren, Ethan e Layla enfrentam os 3 amigos de Gwen. Após serem derrotados, Penny conta que Gwen pretende desativar o aparelho anti-gravidade, criado por ela que faz a escola flutuar em apenas alguns minutos. Magenta é enviada para destruir o aparelho criado por Gwen, enquanto Will encontra Gwen descobre que ela é Royal Pain, eles lutam e ele é nocauteado para fora da escola, no mesmo instante que Guerren e Layla chegam. Finalmente Will descobre que também pode voar e consegue salvar a escola de cair, juntamente com Magenta, que rói os fios que Gwen ativou.Mais tarde, Medula, mesmo bebê, consegue reverter o Pacifier, retornando todos ao que eram e destruindo a máquina. Will desculpa-se com seus pais e o Commander dá o troféu para os ajudantes, que acabaram sendo os heróis da batalha. O baile continua e Will e Layla dançam e se beijam no céu.No final, os vilões aparecem na sala de detenção e o filme fecha com uma frase de Will: “Minha namorada tornou-se minha inimiga, meu inimigo tornou-se meu melhor amigo e minha melhor amiga tornou-se minha namorada. Mas isso é o ensino médio da escola.
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